1、有发票等于已付款。
我国《发票管理办理》中有规定：发票是指在购销商品、提供或者接受服务以及从事其他经营活动中，开具、收取的收付款凭证。因此，法院认为有发票方为已付款。所以这就警示我们合同的重要性！在从事交易时，一定要完善合同。如果是先开发票后付款等情况存在，就需要在合同中明确。万一合同中没有涉及到，也无法再进行修改时，则可以在签收发票时备注款项未付。
但是，这其中有一点要注意，卖方一旦开具发票了，就会产生纳税义务。即使没有收到款项也需要纳税，很可能会加重负担。
2、卖方拒开发票。
我国税收征管法和《发票管理办法》中有规定，对不开发票行为税局可以责令其限期改正，可处罚款，对仍不开具发票的，税务机关收缴其发票或者停止向其发售发票，由税务机关为相应纳税人代开发票。如果造成了经济损失，买方可以主张经济损失，卖方需要承担。
3、仅凭发票无法证明交易。
法院认为发票仅是结算工具，是税收凭证，不能替代交易合同，不能充分证明买卖关系。在实际交易行为中，通常都是业务先发生，之后再取得发票。业务发生时，会计还没有介入账务处理，等收到发票再入账，这就会给企业税收造成一定争议。这个时候如果企业没有提供其他证明材料佐证业务发生的时间，那么企业可能面临法院和税务机关都不支持的风险。
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